Giá trị lịch sử, khoa học và nghệ thuật của Khổng miếu, Khổng lâm và Khổng phủ được tập trung thể hiện trong các văn vật bảo tồn ở đây. Hơn 300 công trình kiến trúc cổ với hơn 1300 gian thuộc các triều đại Kim, Nguyên, Minh, Thanh đã phản ảnh qui chế và đặc điểm kiến trúc của các thời kỳ; Hơn 100 bức tranh khắc đá đời Nhà Hán, Thánh tích đồ, Thạch Nghi, Long Trụ, v.v của Khổng Tử đã phản ánh diễn biến và phát triển của nghệ thuật khắc đá; Hơn 5 nghìn tấm bia khắc từ đời nhà Hán đến nay là khó tàng nghệ thuật thư pháp qúi báu của TQ, và cũng là tư liệu qúi hiếm cho việc nghiên cứu về chính trị, tư trưởng, kinh tế, văn hoá và nghệ thuật thời cổ đại TQ; Hơn 100 nghìn ngôi mộ các đời là hiện vật quan trọng cho việc nghiên cứu chế độ mai táng thời cổ, hơn 17 nghìn cây cổ thụ là hoá thạch sống cho việc nghiên cứu khí hậu, khí tượng và sinh thái thời cổ đại. Trong hơn 100 nghìn cổ vật hiện đang lưu trữ thì mũ áo đời Nhà Nguyên, nhà Thanh, chân dung Khổng Tử, chân dung Diễn Thánh Công và phu nhân cùng các đồ tế lễ là nổi tiếng nhất. Trong đó mũ áo đời Nhà Nguyên và Nhà Thanh là những cổ vật cùng loại hiếm thấy ở TQ, có giá trị quan trọng trong việc nghiên cứu phục sức và nghệ thuật dệt thời cổ đại. 300 nghìn văn thư thời Nhà Minh và Nhà Thanh lưu trữ trong Khổng Phủ là tài liệu lưu trữ tư nhân phong phú nhất ở TQ, đồng thời cũng là những tư liệu quan trọng cho nghiên cứu lịch sử nhất là kinh tế của Nhà Minh và Nhà Thanh.