Đầu tư song phương cũng không ngừng phát triển. Tính đến qúi 3 năm 2004, TQ đầu tư vào gần 200 dự án ở In-đô-nê-xi-a với kim ngạch ghi trong hiệp nghị vượt quá một tỷ USD, chủ yếu tập trung vào ngành dầu mỏ và khai khoáng.

Tháng 5-2000, Chính phủ hai nước ký bản ghi nhớ về thành lập Ủy ban liên hợp, đồng thời cam kết tiếp tục duy trì và tăng cường cơ chế Ủy ban liên hợp về hợp tác kinh tế-thương mại và kỹ thuật cũng như Uỷ ban liên hợp về hợp tác khoa học-kỹ thuật...phát triển quan hệ hữu nghị trong các lĩnh vực trên cơ sở bình đẳng cùng có lợi, công bằng hợp lý, tôn trọng lẫn nhau, thông cảm lẫn nhau nhằm xúc tiến hoà bình, ổn định và phồn thịnh bền vững của Thế giới và khu vực. Ngày 13 tháng này ngoại trưởng In-đô-nê-xi-a tuyên bố In-đô-nê-xi-a và TQ đã đồng ý xây dựng mối quan hệ đối tác chiến lược.

TQ là In-đô-nê-xi-a làláng giềng thân thiện và đều có ảnh hưởng trong các nước đang phát triển, phát triển quan hệ hai nước là phù hợp với lợi ích chung, góp phần cho hoà bình, ổn định và phát triển của khu vực, cũng có lợi cho xúc tiến khối đoàn kết và hợp tác của các nước đang phát triển. Chúng ta có lý do tin tưởng rằng dưới sự thúc đẩy tích cực của hai bên, quan hệ hữu nghị và hợp tác hai nước sẽ càng thêm gắn bó.