Nói về nội dung tư tưởng của "Truyện Thủy-Hử", thì nửa phần trước chủ yếu phản ánh mâu thuẫn giai cấp của xã hội phong kiến. Vạch trần sự đen tối, mục nát và tội ác của giai cấp thống trị, cũng như sự áp bức, bóc lột và bức hại của lũ quan liêu lớn nhỏ, địa chủ ác bá, bọn côn đồ lưu manh, cũng như bọn tay sai quan lại đối với nhân dân. Khiến các anh hùng nổi lên phản kháng, tụ nghĩa tại Lương-sơn-bạc mở cuộc đấu tranh kiên quyết với lũ quan phủ. Đã chứng tỏ sâu sắc lý lẽ "Quan bức thì dân phản". Tác giả đã gửi gắm sự đồng tình sâu sắc và ca ngợi hoạt động phản kháng của các anh hùng qua các hành vi chính nghĩa như trượng nghĩa khinh tài, cứu nguy giúp nghèo, trừng trị bất công, cũng như quét sạch lũ tham quan vô lại. Nửa phần sau "Truyện Thủy-Hử" là miêu tả về Tống-Giang và các vị anh hùng được triều đình triêu an, nhận chiếu chỉ sang trinh phạt nước Liêu, dẹp bằng Phương-Lập, khiến phần lớn các anh hùng bỏ mình trên sa trường, cuối cùng Tống-Giang bị gian thần cho uống rượu độc chết, cuốn tiểu thuyết được kết thúc bằng tấn bi kịch. Đối với nửa phần cuối của truyện này, lâu nay vẫn có khá nhiều tranh luận, có ý kiến cho rằng, Tống-Giang đầu hàng rồi lại đi đánh Phương-Lập, làm tay sai cho triều đình, đàn áp một đạo quân nông dân khởi nghĩa khác, đây là sự phản bội cuộc khởi nghĩa nông dân, cho nên "Truyện Thủy-Hử" là một bộ sách xấu ca ngợi đầu hàng. Còn một ý kiến khác thì cho rằng, "Truyện Thủy-Hử" viết về cuộc khởi nghĩa nông dân từ khi bùng nổ đến phát triển rồi thất bại, phản ánh toàn bộ quá trình cuộc khởi nghĩa nông dân. Cuối cùng Tống-Giang bị gian thần giết hại, trình bày rõ khởi nghĩa của nông dân rút cuộc đều đi đến thất bại, điều này phù hợp với sự thật lịch sử. "Truyện Thủy-Hử" được kết thúc bằng bi kịch, đã nêu ra lời cảnh cáo đối với khởi nghĩa nông dân, đi theo đường lối đầu hàng thì không thể đi suốt, xét từ mặt này, vẫn có ý nghĩa tích cực của nó. Hai ý kiến này mỗi bên đều có lý lẽ riêng của mình. Nhưng nếu nói "Thủy-Hử" là một cuốn sách có nội dung xấu là không đúng. Kỳ thực thì hai phần trước và sau của "Truyện Thủy-Hử" không phải do một người viết, mà nửa phần sau có thể coi là phần tiếp của "Truyện Thủy-Hử", hai phần trước và sau có nội dung khác nhau, chủ đề tư tưởng cũng khác nhau, nửa phần trước phản ánh mâu thuẫn giai cấp, nhân dân chống lại tham quan, chống lại triều đình, là mâu thuẫn giữa nhân dân và giai cấp thống trị. Còn nửa phần sau là trung thần chống gian thần, gian thần hại trung thần, là sự mâu thuẫn giữa trung và gian trong nội bộ giai cấp thống trị, người sáng tác tiếp đã mượn truyện Tống-Giang, để vạch trần hành vi tội lỗi của lũ gian thần chuyên quyền, tàn hại trung thần và phá hoại sự nghiệp chống giặc của triều đình nhà Tống, đã gửi gắm sự thương tiếc của tác giả đối với trung thần và sự chê trách đối với lũ gian thần hại dân hại nước. Kết hợp với việc miêu tả trinh phạt nhà Liêu và các mặt khác, qua đó đã bộc lộ tư tưởng dân tộc của tác giả, chỉ nói riêng về sự thật lịch sử triều Nam-Tống, thì nó có căn cứ và ý nghĩa nhất định. Bắc-Tống bị Nữ-Chân tiêu diệt, còn Nam-Tống bị diệt bởi Mông-Cổ, ách áp bức và sự mâu thuẫn dân tộc lâu năm đè nặng trong lòng dân tộc Hán, đã tích tụ thành sự phẫn uất dân tộc, trước tình hình này, truyện Thủy-Hử được lưu truyền, đương nhiên là mang nặng dấu ấn mâu thuẫn dân tộc. Mượn nửa phần sau của "Truyện Thủy-Hử" để khơi dậy mối cảm tình này của nhân dân là điều có thể lý giải.

"Truyện Thủy-Hử " được ra đời trên cơ sở kết hợp thuyết sử và tiểu thuyết, qua đó đã hình thành đặc sắc nghệ thuật của riêng mình. Trước hết là có tính truyện kể mạnh mẽ, tình tiết phong phú sinh động, éo le ly kỳ, rất hồi hộp, càng kể càng hay, vô cùng hấp dẫn. "Truyện Thủy-Hử" tuy hay, nhưng điều quan trọng là nó thông qua tình tiết của truyện kể để tạo dựng nhân vật. Mà thành tựu lớn nhất là viết rất hay về các vị anh hùng áo vải , giang hồ hào kiệt, viết họ hành hiệp trượng nghĩa, chuyên trị những điều bất công trong xã hội, viết phẩm chất anh hùng và võ nghệ cao cường của họ, tính cách nhân vật rõ ràng, thấy rõ cả lông mày và râu ria của họ. Kim-Bình-Thán bình luận về cách viết nhân vật trong "Thủy-Hử" rằng: "Viết về 36 người là 36 loại xuất thân, 36 khuôn mặt và 36 tính cách". Lại nói: "Truyện Thủy-Hử " viết 108 tính cách, thì quả là 108 tính cách khác nhau, nếu ở bộ tiểu truyết khác, dù viết hàng nghìn nhân vật, thì hàng nghìn nhân vật cũng giống nhau hoàn toàn, viết hai người thì hai người cũng giống nhau như đúc. Tuy nói có phần khoa trương, nhưng đã thực sự nói lên đặc điểm nghệ thuật tạo dựng nhân vật trong "Truyện Thủy-Hử". Tuy không thể nói là đã viết 108 tính cách, nhưng quả thực đã viết được mấy chục nhân vật có diện mạo và tính cách hoàn toàn khác nhau như: Lỗ Chí Thâm, Võ Tòng, Lý Quỳ, Lâm Xung, Thạch Tú, Ngô Dụng, Nguyễn Thị Tam Hùng v v, từ hình dáng bề ngoài, tính cách, cách xử sự, cho đến lời nói, đều là những hình tượng nhân vật có hình khối hoàn toàn khác nhau. Nhưng nhìn chung họ có điểm tương đồng ở các cử chỉ hào hiệp như: Đều là người có nghĩa khí, có tình thần phản kháng, căm ghét kẻ thù, hành hiệp trượng nghĩa, giết cường hào cứu tế dân nghèo v v, nhưng do xuất thân, cảnh ngộ và chịu sự giáo dục khác nhau, nên họ lại có tính cách và sự biểu hiện khác nhau trong phương pháp xử sự.