Do vấn đề quốc kỳ nên đã gây lên một số tranh cãi trong lễ khai mạc. Trước hết các đoàn Mỹ, Thụy Điển sau khi vào sân phát hiện trong sân không treo cờ nước họ, liền kháng nghị với ban tổ chức. Tiếp đến người cầm cờ của Đoàn Mỹ quốc tịch Ai-len không bày tỏ kính chào đối với quốc vương và dương cao lá cờ khi đi qua khán đài chủ tịch, gây lên sự xáo động.

Ngoài ra, Đoàn Phần Lan trong thành phần của đoàn Nga cho rằng vào sân dưới lá của Nga hoàng là một sự sỉ nhục, bởi vậy từ chối tham gia lễ khai mạc. Tuy xảy ra một số tranh chấp trong lễ khai mạc nhưng một số cách làm như mặc đồng phục và vào sân dưới sự dẫn đầu của quốc kỳ nước mình đã mở ra tiền lệ cho các kỳ đại hội sau này.

Chạy ma-ra-tông được đưa vào ngày trong kỳ đại hội lần thứ nhất, nhưng cự ly chạy lại khác nhau trong các kỳ đại hội. Tại kỳ đại hội lần này, do các thành viên hoàng gia Anh bày tỏ sẽ đến xem môn chạy ma-ra-tông nên điểm xuất phát được bố trí tại thảm cỏ trước cung Uyn-xơ, cự ly đường chạy là 26 dặm 385 thước Anh, tương đương 42,195 mét, từ đó đường chạy ma-ra-tông được chính thức áp dụng theo cự ly này.

Tham gia chạy ra-ma-tông có 56 vận động viên của 16 quốc gia. Vận động viên I-ta-li-a, một thương gia bánh kéo với số áo 19 đã dẫn đầu trong cuộc chạy, anh có thân hình bé nhỏ nhưng chạy rất nhanh, là người đầu tiên vào sân, nhưng do quá mệt đã chạy sai hướng sau đó do quá mệt mấy lần bị ngã, sau mỗi lần ngã anh lại chạy tiếp. Khi cách điểm đích 15 mét anh lại lần nữa bị ngã và không sao đứng dậy được để chạy tiếp. Hai bác sĩ tốt bụng đã rìu anh đến đích. Do có người khác giúp đỡ nên thành tích của anh không được tính. Tuy là người thất bại trên đường chạy nhưng tên tuổi và tinh thần quật cường của anh được ghi vào sử sách ô-lim-pích. Để biểu dương, hoàng hậu Anh đã tặng cho anh một chiếc cúp và đích thân trao cho anh tại lễ bế mạc.