Vấn đề Đài Loan là cơ sở chính trị của quan hệ Trung Nhật. Trong lịch sử Nhật từng dùng vũ lực thôn tính Đài Loan và thực hiện ách thống trị thực dân 50 năm đối với Đài Loan. Trong bản tuyên bố chung Trung Nhật, Chính phủ Nhật công nhận rõ ràng: nước Cộng hòa Nhân dân Trung Hoa là Chính phủ Hợp pháp duy nhất và đại diện cho Trung Quốc, tôn trọng và thông cảm đầy đủ lập trường của Chính phủ Trung Quốc về Đài Loan là một bộ phận không thể chia cắt của nước Cộng hòa Nhân dân Trung Hoa. Bản tuyên bố này đã giải quyết vấn đề địa vị của Đài Loan về chính trị và pháp luật, đã xác định nguyên tắc chỉ đạo giải quyết đúng đắn vấn đề Đài Loan. Các nhà lãnh đạo trước đây của Nhật từng nói rõ, Nhật không có dã tâm đối với Đài Loan.

Ông Hi-rô-yu-ki Hô-xô-đa nói, do Lý Đăng Huy thăm Nhật với danh nghĩa "cá nhân", nên Chính phủ Nhật không có lý do từ chối. Cách giải thích này là đứng không vững. Mọi người đều biết, Lý Đăng Huy là tổng đại diện của thế lực "Đài Loan độc lập" cấp tiến, là kẻ phá hoại quan hệ hai bờ và ổn định khu vực. Từ khi Lý đăng Huy và Trần Thủy Biển lên nắm quyền đến nay, nhà đương cục Đài Loan ra sức tiến hành hoạt động "Đài Loan kiểu tiệm tiến" và "từ bỏ Trung Quốc hóa". Họ rùm beng nặn ra "hai nước Trung Quốc" và "một Trung Quốc một Đài Loan" trên trường quốc tế, không ngừng đặt chướng ngại và gây nguy cơ cho phát triển quan hệ hai bờ. Lý Đăng Huy có "tình cảm với Nhật" rắp tâm mưu toan thăm Nhật, là muốn tìm chỗ dựa và tạo điều kiện bên ngoài cho hoạt động chia rẽ "Đài Loan độc lập".

Giữ gìn chủ quyền nhà nước và toàn vẹn lãnh thổ là lợi ích cốt lõi của Trung Quốc. Vấn đề Đài Loan là công việc nội bộ của Trung Quốc, Chính phủ và nhân dân Trung Quốc có lòng tin, có quyết tâm, có tài trí và có khả năng cuối cùng thực hiện thống nhất hoàn toàn đất nước. Trong lúc tình hình eo biển Đài Loan nhạy cảm và phức tạp như vậy, Chính phủ Nhật một mặt rêu rao kiên trì chính sách một nước Trung Quốc, mặt khác lại bật đèn xanh cho kẻ tiên phong chia rẽ Trung Quốc, hành vi lời nói không đi đôi với việc làm và mâu thuẫn này là sự thể hiện của việc dung túng và ủng hộ thế lực chia rẽ "Đài Loan độc lập, cũng là sự khiêu khích đối với sự nghiệ́p thống nhất của Trung Quốc

Năm 2001 Chính phủ Nhật từng cho phép Lý Đăng Huy thăm nhật với danh nghĩa chữa bệnh, đã làm phương hại đến quan hệ hai nước. Những năm qua, các quan chức cấp cao của Nhật năm nào cũng lũ lượt đi viếng chùa Ya-xu-cu-ni, đã gây nhiễu nghiệm trọng cho quan hệ chính trị Trung Nhật. Ngày nay Chính phủ Nhật lại can thiệp vào công việc nội bộ của Trung Quốc trên vấn đề Đài Loan, là không có lợi cho phát triển và cải thiện quan hệ Trung Nhật. Chính phủ Nhật phải xuất phát từ toàn cục bảo vệ quan hệ Trung Nhật, giải quyết thỏa đáng vấn đề này, bãi bỏ quyết định cho phép Lý Đăng Huy hoạt động tại Nhật. Nếu muốn gây sự, thì rút cuộc chỉ có thể gieo gió ắt gặp bão và vác đá ghè chân mình.