Khi di chuyển thảm xanh , những người xây dựng đường sắt đã bảo vệ hữu hiệu vùng đất dự trữ sinh quyển trên cao nguyên được gọi là " thận cao nguyên ". Để đảm bảo chức năng sinh thái của khu bắt nguồn các sông ngòi khỏi bị ảnh hưởng , những người xây dựng đường sắt Thanh Tạng đã bảo vệ hữu hiệu môi sinh của khu vực dự trữ sinh quyển , đối với các đoạn đường đi qua vùng sinh quyển , nhân viên xây dựng đã lựa chọn biện pháp hễ gặp cống rãnh thì xây cầu hoặc đào đường hầm , tăng thêm mật độ cầu và đường hầm , lấy cầu thay đường , đắp nền đường bằng vật liệu phòng chống thấm nước, với mục đích đảm bảo nước trên mặt đất chạy qua khu vực dự trữ sinh quyển có thể bổ sung thêm phần nào tài nguyên nước cho vùng đó , ngăn chặn vùng sinh quyển khỏi bị thu hẹp , thiết thực đảm bảo chức năng dự trữ nước không bị ảnh hưởng .

Đối với những đoạn đường ven sông và ven hồ , nhân viên xây dựng đã ấn định phương án thiết kế công trình bảo vệ môi trường đặc biệt , cấm đổ rác và phế liệu thi công và các chất có độc hại gần sông ngòi , máng nước và rãnh nước . Nước thải sản xuất và sinh hoạt qua tập trung xử lý rồi mới dùng để tưới cây cỏ hoặc giảm bụi bặm , nghiêm cấm thải vào sông ngòi , nhờ đó đã ngăn chặn hữu hiệu hiện tượng gây ô nhiễm đối với tài nguyên nước và khu vực dự trữ sinh quyển .

Về bảo vệ các hồ nước trên cao nguyên , có thể nói việc bảo hộ hồ Zua-na là mẫu mực bảo vệ nước hồ trên tuyến đường sắt Thanh Tạng . Hồ Zua-na nằm trong địa bàn huyện An Đô Tây Tạng , rộng hơn 400 ki-lô-mét vuông , được đồng bào dân tộc Tạng địa phương tôn vinh là "Thần Hồ " .

Trong tuyến đường sắt Thanh Tạng có 40 ki-lô-mét chạy ven hồ , những người xây dựng tuyến đường sắt này đã bảo vệ chu đáo hồ Zua-na , hồ nước ngọt trên cao nguyên phía Bắc Tây Tạng bằng các hình thức như tạo dựng bức tường phòng hộ bằng những bao tải đựng đầy cát , di chuyển thảm cỏ trồng ở nơi khác , xây dựng trạm theo dõi hoạt động của động vật hoang dã quý hiếm sống trên cao nguyên , giám sát chất nước hồ một cách định kỳ v.v .