Khác với các kiến trúc cổ ở Trung Quốc có kết cấu bằng gỗ, toàn bộ chùa Prây Pra-xát là được xây bằng những phiến đá lớn, do bị hư hỏng nghiêm trọng nên việc tu sửa rất khó khăn. Trải qua một năm điều tra nghiên cứu và chuẩn bị tiền kỳ, các chuyên gia Trung Quốc năm 1999 chính thức khởi động dự án tu sửa chùa Prây Pra-xát. Kỹ sư cấp cao Viện nghiên cứu Bảo tồn Trung Quốc, Trưởng Nhóm công tác viện trợ bảo tồn đền Ăng-co vát Trung Quốc Khương Hoài Anh cho biết:

"Khi chúng tôi mới đến đây ngôi chùa này cơ bản là một đống đổ nát. Phần lớn các kiến trúc đều sập đổ, hơn bốn nghìn cấu kiện kiến trúc rơi vãi khắp nơi. Lúc đó lại không có tài liệu gốc, cũng không có ảnh, hình dáng kiến trúc như thế nào chúng tôi đều không biết, tất cả đều đã sập đổ, bởi vậy chúng tôi phải bắt tay làm từ đầu, nghiên cứu hình thức của đền Ăng-co vát, kết cấu kiến trúc, như vậy mới có thể tiến hành tu sửa, trùng tu. Hơn 4 nghìn cấu kiện nằm rải rác khắp nơi, làm thế nào để chắp nối chúng lại với nhau là một khó khăn rất lớn".

Trải qua gần 10 năm nỗ lực, dư án tu sửa chùa Prây Pra-xát đã hoàn thành. Tổ chức Giáo dục, Khoa học và Văn hóa Liên Hợp Quốc và Chính phủ Cam-pu-chia đánh giá rất cao công tác trùng tu. Chính phủ Cam-pu-chia đã trao huân chương cho trưởng, phó đoàn công tác Trung Quốc. Đây cũng là lần đầu tiên Chính phủ Cam-pu-chia trao huân chương này cho chuyên gia nước ngoài.

Hiện nay Nhóm công tác Trung Quốc đã bắt đầu tiến hành tu sửa và trùng tu một di chỉ khác của di chỉ Ăng-co vát. Dưới sự viện trợ của các nước trên thế giới, di chỉ Ăng-co vát đang tái hiện trước thế giới với bộ mặt càng thêm tươi đẹp.