Sau khi Trung Quốc và Nhật bình thường hóa quan hệ ngoại giao, hai nước đã ký "Hiệp định hợp tác khoa học-kỹ thuật chính phủ" vào năm 1980. Sau đó sự giao lưu và hợp tác khoa học-kỹ thuật giữa hai nước phát triển nhanh chóng, qui mô không ngừng mở rộng, hình thành cục diện đa kênh, đa hình thức, giữa chính phủ và nhân dân, là một bộ phận cấu thành quan trọng trong quan hệ hữu nghị Trung-Nhật. Đặc biệt về mặt hợp tác kỹ thuật ứng dụng đã thu được thành tựu nổi bật, góp phần tích cực cho phát triển kinh tế-xã hội và tiến bộ khoa học-kỹ thuật của Trung Quốc. Hợp tác khoa học-kỹ thuật giữa Chính phủ Trung Quốc và Nhật hiện nay bao gồm: triển khai hợp tác theo "Hiệp định hợp tác khoa học-kỹ thuật Chính phủ Trung-Nhật", hợp tác giữa các ban ngành trong khuôn khổ Hiệp định hợp tác khoa học-kỹ thuật Chính phủ, hợp tác thông qua cơ quan viện trợ quốc tế của Nhật (JICA) cũng như "Hiệp định hợp tác năng lượng hạt nhân Trung-Nhật" ...Ngoài ra nhiều ban ngành, địa phương, viện nghiên cứu và các trường đại học hai nước cũng triển khai sự giao lưu và hợp tác dưới nhiều hình thức, góp phần thúc đẩy sự giao lưu giữa cán bộ khoa học-kỹ thuật, triển khai hợp tác nghiên cứu ...