Cuộc chiến bảo vệ thành Bắc Kinh

Đêm hôm đó, Vu Khiêm được tin Minh Anh Tông đã bị đưa ra khỏi trung quân, bèn ra lệnh nã pháo vào dinh trướng quân Oa Sư, khiến chúng lại bị thương vong nặng nề.

Trận đánh này khiến quân Oa Sư nhụt hết khí thế, trong một thời gian ngắn không thể đủ sức đánh xuống miền nam, De Sen biết giữ Minh Anh Tông lại cũng chẳng có kết quả gì, năm sau đã thả ông về Bắc Kinh. Minh Anh Tông về đến Bắc Kinh liền tuyên bố thoái vị, sau đó bị Minh Cảnh Đế giam lỏng.

Vu Khiên lập công lớn, nhưng vì ông tính cách cương trực, khi hành pháp không nể nang người quyền quý, nên đã đắc tội với một số đại thần, nhất là Từ Hữu Trinh và đại tướng Thạch Hanh lại càng căm ghét ông hơn ai hết. Năm 1457, Minh Cảnh Đế bị ốm nặng, hai người đã nhân dịp này câu kết với lũ hoạn quan, mượn tiếng biên giới xảy ra nguy cấp, đã điều động quân đội hô hào đưa Minh Anh Tông trở lại ngôi vua. Minh Cảnh Đế vốn ốm nặng khi nghe tin này càng thêm phẫn uấ, nên mấy ngày sau thì băng hà. Cuộc chính biến này trong lịch sử gọi là "Đoạt môn chi biến".

Minh Anh Tông trở lại làm vua, Từ Hữu Trinh và Thạch Hanh được trọng dụng, nhà vua xét vì Vu Khiêm là người có công lớn, nên không nỡ bức hại. Nhưng dưới sự thôi thúc của Từ Hữu Trinh, Minh Anh Tông đành xử Vu Khiêm tội chết.

Vu Khiêm là người giản dị, phủ đệ rất đơn sơ, nên sau trận chiến bảo vệ thành Bắc Kinh, Minh Cảnh Đế từng ban cho ông một ngôi phủ đệ khác, nhưng ông không nhận. Trong khi khám xét nhà ông hầu như chẳng thấy có vật gì đáng tiền cả. Nhiều người biết ông bị oan, mới lén đưa thi hài ông về chôn cất ở Hàng Châu nơi quê ông, ngay bên cạnh mộ Nhạc Phi.